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        主条目：郑氏王朝

        树立於安平古堡的郑成功像

        1644年，满族八旗军攻占燕京，明朝部分遗臣在中国南方先後拥立几位宗室为帝，组织流亡政府，继续抗清，是谓南明。

        郑成功就是当时抗清的一GU强大势力。郑氏於1658年至1659年出兵金陵失败後，决定转进其父郑芝龙和颜思齐等倭寇海商曾经经营过的台湾。

        1661年，郑成功率领军队约25,000人先抵澎湖，然後进入台湾，迅速攻占各地，展开对荷兰人之热兰遮城的进攻，终於在翌年攻下热兰遮城，击败了在台湾的荷兰东印度公司政权，占领了南台湾建立台湾史上第一个汉人政权。

        郑成功占领後，改台湾为东都明京。1662年，在得知永历帝Si於昆明後，郑经改东都为「东宁」。此後，郑成功祖孙三世始终皆以「大明延平王」的郡王爵位统治东宁国，并沿用明朝最後一位皇帝的永历年号，礼遇众多明朝宗室。占领台湾之初，郑成功设立京畿承天府，并以新港溪（今盐水溪）为界，北路为天兴县（县治在今台南市佳里区，郑经继位後改为天兴州）、南路为万年县（县治在今台南市仁德区，郑经继位後改为万年州）。

        郑成功由於岛内粮食不足，郑氏军队各营各镇部队，分批在嘉南平原、屏东平原上屯田开垦，故该地区留下带有「营」、「镇」、「劲」、「协」等称号的地名（例如左营、前镇、柳营等），延用至今。

        1662年，三十九岁的郑成功病逝之後，因1uaNlUn而被罢黜的王世子郑经从思明州率军返回东宁，打败了叔父郑袭，由於无法再得到明朝皇帝的敕令，於是自行嗣延平王位及大明招讨大将军之职。郑经稍後将所有留守厦门的郑氏残存势力撤到台湾，将天兴、万年二县设为州。与郑经有密切政经往来的英国东印度公司以「台湾国王」（TheKingofTyawan）作为其外交称谓。

        「全台首学」台南孔庙

        在参军陈永华的辅佐下，郑经经营与英国、日本及东南亚的贸易，并取得武器的补给。

        主要的出口品是蔗糖。英国东印度公司也一度在台设立商馆，但经营并不理想。此外，郑氏政权也有计划的在台湾植入汉文化，郑经在陈永华的建议下，於1665年在台南建先师圣庙，设国子监，是为汉文化的「全台首学」。沈光文则成立了台湾最早的诗社「东Y社」。

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